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為配合本院第二階段院務推展之實際需求，於96年4月16日調整行政支援組織，整合行政處與研究資源處相關行政業務，設置總辦事處，總辦事處下設人事室、會計室、總務室、圖書館、資訊中心、採購中心及營繕設管中心；各室可分科辦事。
主要目的如下：

• 整合簡化行政支援單位與流程，增進行政支援單位間之協調。
• 配合院務新增實際需求，增設專案單位。
• 強化委員會運作機制，提供必要之協助，促進研究發展。

其任務為服務全院同仁，協助各項醫藥衛生研究工作之推動，提供高效率且高品質之行政支援與服務，使院內各單位順利推行業務。總辦事處為達成此任務，將致力於：

• 簡化行政流程，建立行政作業規範。
• 運用資訊科技，增進行政效率與管理效能。
• 培養總辦事處同仁具備「顧客滿意」的服務理念。